Kindle本購入でAmazonポイントを使わないことはできません。
これについて順を追って説明していきます。
Kindle本購入ではAmazonポイントが優先的に使われる
Kindleストアでは、Kindle本を購入する時、必ずワンクリック購入になる仕様になっています。
そのため、ワンクリック購入時にどの支払い方法にするかは選択することができません。
そのせいもあるかもしれませんが、Amazonポイントが先に引かれた後に、クレジットカードや携帯決済が適用されるような形になっています。
ちなみに引かれる順番は、Amazonポイント>Amazonギフト券>クレジットカードの順になっています。
そもそもAmazonポイントとは?
そもそもAmazonポイントとは、Amazonポイント対象商品に付与されるポイントのことです。
1ポイント1円で利用することができます。
商品を購入する際に、獲得ポイントが表示されています。
以下のKindle本は5pt獲得することができますね。
Amazonポイントキャンペーンページをチェックすれば、Amazonポイントを多く獲得できる商品や還元率が高い商品を確認することができます。
Amazonポイントを貯めたくても、Kindle本購入では貯められない
Kindleストアの購入ではAmazonポイントが優先的に使われてしまうため、Amazonポイントを使わずに貯めることができません。
なので、どうしてもAmazonポイントを貯めたければ、Kindleストアでの購入は控えることをオススメします。
余談ですが、Amazon Mastercardを利用することで、どのような商品でもポイントを貯めることができるのでややお得です。
クラシックカードでは1.5%、ゴールドでは2.5%ですが、クラシックに関してはプライム会員だと2%に上がるようになっています。

ポイントが使われても、もらえるポイントはもらえる
ポイントを利用した際に、その購入したコンテンツがAmazonポイント対象商品だったらポイントがもらえないということはありません。
ポイントを使った時もAmazonポイントを獲得することができます。
なので、ポイントが勝手に使われてしまったからといって、ポイント対象商品のポイントを得られるかどうかを気にする必要はないということになります。
また、仮ポイントと呼ばれるまだポイントとして確定されていない状態もあるので、そちらに関しては気をつけるようにしましょう。
仮ポイントは商品の発送日を目安に確定ポイントに変わります。
まとめ
AmazonポイントはKindleストアでの利用においては、優先的に使用される仕様になっています。
この設定はAmazon側で仕様変更されない限り変わることはないでしょう。
Amazonポイントを意識している方は少ないと思いますが、Amazonポイントを貯めておいて、一気に使用したいという方はKindleストアでの商品購入は控えるようにした方が良いということになります。